ชุมชนจุลินทรีย์ในลำไส้ของมนุษย์มองอาหารเป็นสารเคมี สารประกอบทางเคมีเหล่านี้บางชนิดมีผลดีต่อชุมชนของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในลำไส้และต่อสุขภาพของมนุษย์ ยกตัวอย่างเช่นงานที่ผ่านมาของกอร์ดอนแสดงให้เห็นว่าจุลินทรีย์ในลำไส้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาในระยะแรกของทารกโดยจุลินทรีย์ในลำไส้ที่แข็งแรงนั้นมีส่วนช่วยในการเจริญเติบโตของร่างกาย
การทำงานของภูมิคุ้มกันและการพัฒนาของกระดูกและสมอง แต่การแปรรูปอาหารที่ทันสมัยสามารถสร้างสารเคมีที่อาจเป็นอันตรายต่อสุขภาพ สารเคมีดังกล่าวเกี่ยวข้องกับการอักเสบที่เชื่อมโยงกับโรคเบาหวานและโรคหัวใจ นักวิจัยมีความสนใจในการทำความเข้าใจปฏิสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่างจุลินทรีย์ในลำไส้ของมนุษย์และสารเคมีที่บริโภคกันทั่วไปซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของอาหารอเมริกันทั่วไปแบคทีเรียจะทำลายสารเคมีฟรุกโตเซลีนซีนเป็นส่วนประกอบที่ไม่เป็นอันตราย
