จุลินทรีย์หลายชนิดในลำไส้ของมนุษย์สามารถพบได้ในประชากรจากทั่วทุกมุมโลก ภายในสปีชีส์ของจุลชีพ สายพันธุ์ของจุลชีพมีความแตกต่างกันอย่างน่าทึ่งระหว่างบุคคลและประชากร แม้จะมีความสำคัญต่อสุขภาพของมนุษย์ แต่ก็ยังไม่ค่อยมีใครรู้จักต้นกำเนิดของสายพันธุ์เหล่านี้ สายพันธุ์เหล่านี้ส่วนใหญ่อาศัยอยู่เฉพาะในลำไส้ของมนุษย์เท่านั้น
สิ่งนี้ทำให้เกิดคำถามว่าจุลินทรีย์ในลำไส้ของมนุษย์มาจากไหน ทีมวิจัยคาดการณ์ว่าสปีชีส์และสายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงอยู่กับผู้คนในขณะที่มนุษยชาติมีความหลากหลายและแพร่กระจายไปทั่วโลก เพื่อทดสอบว่าจุลชีพมีวิวัฒนาการและกระจายไปพร้อมกับโฮสต์ของมนุษย์หรือไม่ ได้ทำการเปรียบเทียบครั้งแรกกับประวัติศาสตร์วิวัฒนาการของมนุษย์อย่างเป็นระบบ และจุลินทรีย์ในลำไส้ นักวิจัยได้สร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการรวมทั้งจุลินทรีย์ 59 ชนิดที่พบในลำไส้ และใช้การทดสอบทางสถิติเพื่อตรวจสอบว่าต้นไม้เหล่านี้เข้ากันได้ดีเพียงใด กว่า 60 เปอร์เซ็นต์ของสปีชีส์ที่สำรวจมีความสอดคล้องกับประวัติศาสตร์วิวัฒนาการของโฮสต์มนุษย์ หมายความว่าจุลินทรีย์เหล่านี้กระจายตัวร่วมกันในลำไส้ของมนุษย์มากกว่า 100,000 ปี
